SciencesLa success-story d’un site qui prédit l’avenir du Covid
Des universitaires suisses ont créé un modèle qui donne des prévisions sur l’évolution du coronavirus dans 209 pays. La plateforme est devenue une référence mondiale.
Le site publie une carte qui met en évidence les pays les plus touchés.
COVID-19 Daily Epidemic Forecasting«J’ai commencé à tweeter des prévisions sur le Covid-19 tous les jours, à partir du 26 janvier 2020. Au début, il y avait très peu de pays concernés, entre 15 et 20, et puis en février j’ai assisté à la montée des cas en Italie, en Iran et en Corée du Sud. C’est à ce moment-là qu’une collègue de l’EPFL, Christine Choirat, m’a contacté pour me proposer d’automatiser ce que je faisais et de l’étendre aux 209 pays du monde.» C’est ainsi qu’est né le site web suisse COVID-19 Daily Epidemic Forecasting, qui prédit l’évolution du coronavirus au niveau international, se souvient son instigateur, Antoine Flahault, directeur de l’Institut de santé globale à l’Université de Genève (UNIGE). Mais lorsqu’il a fallu traiter les données de 200 pays, «c’est là que les problèmes ont commencé», confie sourire au coin l’épidémiologiste.
Sauvés par le supercalculateur tessinois
Afin de plancher sur le projet, en février 2020, un consortium de dix universitaires de l’EPFL, l’EPFZ, l’Institut de santé globale, l’UNIGE et le Swiss Data Science Center a été constitué. «Cinq analystes de données travaillaient à plein temps pour étudier tous les modèles mathématiques de prédiction à sept jours et trouver la meilleure option. Au départ, nous utilisions celle du temps de doublement qui fonctionne bien pour les croissances exponentielles mais, très vite, elle a été insatisfaisante. Le temps de calcul était long. Les données arrivaient tard. Je devais analyser les données durant la nuit», raconte l’expert de l’UNIGE. Finalement, une solution tessinoise a été trouvée. «On a pu utiliser le supercalculateur de Lugano. C’est le plus gros d’Europe. Il ne mettait que onze heures pour traiter nos données et faisait deux mises à jour quotidiennes, ce qui rend les résultats très fiables.»
Les USA et le Canada en veulent davantage
«Notre site a été de plus en plus visité dans le monde. À la fin du printemps, le centre de politique sanitaire d’Atlanta (USA) nous a contactés pour savoir si nous pouvions affiner les données sur les États américains», confie l’épidémiologiste. Et le succès ne s’est pas arrêté là. En été, les Canadiens ont formulé la même requête. Parallèlement, en Suisse aussi, le site commence à se faire connaître. «Certains médecins cantonaux nous demandaient officieusement des informations et, en août, Neuchâtel et le Valais ont demandé à ce qu’on livre des données par canton», se rappelle l’universitaire.
Et ces prédictions n’intéressent pas que les gouvernements ou les autorités sanitaires. Elles sont également précieuses pour de nombreuses entreprises dont l’activité dépend des flux internationaux. «De grosses compagnies maritimes ont aussi voulu avoir des informations.»
Il met la pression sur la France
«J’ai râlé dans un tweet que Paris ne rapportait plus les données durant le week-end. Le lendemain, la directrice de la Santé publique française m’a appelé pour me dire qu’ils avaient le droit de se reposer, se souvient Antoine Flahault. Je lui ai dit que c’était impossible lorsqu’on a un bateau en pleine tempête. On a eu les données par la suite.» Le scientifique, membre de la task force helvétique, avait fait la même requête auprès de la Suisse… sans succès.
Une multitude de données
À l’heure actuelle, la plateforme offre des prédictions à sept jours concernant le nombre de cas et de décès quotidiens, ainsi que le taux de reproduction. Une carte du monde, intitulée «risk map», a été intégrée en juin 2020, afin de mettre en évidence les pays les plus touchés par le Covid-19. Elle est en revanche mise à jour uniquement tous les quinze jours pour l’instant. Trois membres de l’équipe chargée de l’analyse des données continuent de tweeter quotidiennement les informations. Lorsqu’il a commencé à communiquer sur Twitter, en janvier, Antoine Flahault comptait 1000 abonnés. Aujourd’hui, il en a plus de 16’000.
D’autres variables à intégrer
Concernant la fiabilité des prédictions, il est difficile de donner une marge d’erreur, estime le directeur de l’Institut de santé globale. «Nous avons encore la tête dans le guidon. Mais, sachant que ce sont de grosses tendances, on peut dire que le modèle est fiable, sauf en cas de rupture, comme lorsqu’un confinement a été décrété.» Prochaine étape pour les scientifiques, «comparer les données réelles avec leurs prédictions. Mais c’est un travail de longue haleine que nous entreprendrons une fois que la situation se sera calmée.»
Prochainement, le site devrait accueillir des données sur les vaccinations. L’équipe souhaiterait également pouvoir étudier les variantes du virus et intégrer des données sur les confinements et le comportement des gens afin d’affiner les prédictions. «Mais il n’existe pas de bases de données pour ces informations. C’est donc un énorme travail de recherche qu’il faudrait mettre en place», indique Antoine Flahault. Ces améliorations permettront d’atteindre l’objectif final: prédire sur le long terme. «L’enjeu est de pouvoir prévoir plus loin que sept jours. C’est cela qui pourra être véritablement utile. Anticiper l’avenir permettra de mieux gouverner. Les citoyens aussi aimeraient pouvoir savoir s’ils pourront partir en vacances et faire des projets.»